Pupčana vrpca sadrži tri krvna suda (dve artere i venu). Iako se funkcionalno odmah zatvaraju, umbilikalni krvni sudovi ostaju anatomski prohodni za duži period, 1-2 sedmice. U toku tog perioda oni predstavljaju moguće ulazno mesto za sistemsku infekciju.
Pupčana vrpca može biti abnormalno kratka, što je često udruženo s hipotonijom fetusa; ako je veoma duga, može predstavljati rizik zamotavanja i strangulace delova tela (vrat, ruka). Pupkovina se suši i otpada unutar jedne do dve sedmice života.
Jedna umbilikalna arterija. Pupkovina u retkim slučajevima može sadržati jednu umbilikalnu arteriju. S obzirom na to da je ova anomalija često udružena s prisustvom drugih kongenitalnih anomalija, potreban je detaljan pregled deteta, koji uključuje ultrasonografiju bubrega.
Ductus omphalomesentericus. Otvoren omfalomezenterični duktus koji ne dozvoljava sušenje i separaciju pupkovine zbog komunikace s ileumom može dovesti do intestinalne fistule, prolapsa creva, ciste ili Meckelovog divertikula. Terapija je hirurška.
Urachus persistens. Perzistentni urahus je zaostala embrionalna veza između mokraćnog mehura i umbilikusa. Na pupkovini se pojavljuje svetložuta bistra tečnosti slična urinu. Rješava se hirurškim putem.
Omphalocoella. Kongenitalna omfalokela je hernijacija abdominalnog sadržaja u umbilikalnu vrpcu. Veličina vrećolikog proširenja koje se nalazi izvan trbušnog zida zavisi o sadržaju (creva, jetra). Za razliku od umbilikalne herne prekrivena je peritoneumom. Veoma je važno hitno hirurško zbrinjavanje, pre nego što se razve infekcija ili dođe do oštećenja tkiva sušenjem. Zato je omfalokelu potrebno odmah prekriti sterilnom kompresom natoplenom fiziološkim rastvorom. Ponekad je zbog male abdominalne šupljine nemoguće hirurški reparirati omfalokelu, pa se koriste različiti sintetički materijali za njeno pokrivanje.
Hemoragija. Hemoragija može nastati zbog lošeg podvezivanja pupkovine, zbog traume, infekce, ili može ukazivati na prisustvo hemoragične bolesti no-vorođenčeta ili druge koagulopate. Zato pupkovinu treba pažljivo pratiti unutar prvih par dana te u slučaju hemorage brzo intervenirati.
Granuloma. Nakon normalnog otpadanja pupkovine pupčana jamica se po-kriva tankim neravnim, ožiljastim omotačem kože i kompletno zacjeljuje unutar 12-15 dana. Blaga infekcija saprofitnim bakterijama dovodi do stvaranja mekanih crvenkastih polipoznih granulacija na bazi umbilikusa s oskudnim mukoidnim iscjetkom. Tretman je kauterizacija srebrenim nitratom, koju je nekad potrebno ponavljati u intervalima od nekoliko dana.
Infekcije pupka. (Videti poglavle Infekce) Veoma su važne zato što može doći do propagace i širenja na portalne vene i sistemsku cirkulaciju.
Hernia umbilicalis. Nastaje zbog nepotpunog zatvaranja umbilikalnog prstena i često je udružena s dijastazom rektalnih mišića. Češće se javlja kod dece s niskom porođajnom težinom, kao i kod ženske dece. Prekrivena je kožom, povećava se pri plaču i lako se reponira u trbušnu šupljinu. Može biti različite veličine i sadržati omentum ili delove tankog creva. Većina umbilikalnih hernija spontano nestaje do kraja prve godine života. Strangulace su ekstremno retke. Kompresija na herniju ne ubrzava njeno zatvaranje. Hirurška terapija se ne preporučuje, izuzev ako hernija ne perzistira do 3-4 godine života uz prisutne simptome.