HP je najčešće lokalizovan u antralnoj mukozi, u sloju površnih epitelnih ćelija i  penetrira između ovih ćelija, ali se veoma retko nalazi u samim epitelnim ćelijama.

HP je najčešće lokalizovan u antralnoj mukozi, u sloju površnih epitelnih ćelija i  penetrira između ovih ćelija, ali se veoma retko nalazi u samim epitelnim ćelijama. Invazija ovih bakterija se retko dešava van epitela, mada se u nekim slučajevima javljaju i u okolini parietalnih ćeUja. HP može da se nađe i u gastrointestinalnom traktu van želuca, tj. može kolonizovati „gastrične tipove“ sluzokože koji se javljaju u metaplastičnom glandulamom epitelu Barrettovog ezofagusa, u areama gastrične metaplazije u duodenumu, gastričnoj mukozi Meckelovog divertikuluma, a opisan je i slučaj njegove kolonizacijeumetaplastičnoj gastričnoj mukozi rektuma.
Prvi opisi udruženosti antralnog gastritisa i HP potiču od 1983. godine, aU se kasnije HP i gastritis opisuju u telu i fundusu želuca. Ipak je najčešća udruženost HP i antralnog gastritisa, a ona se karakteriše inflamacijom koja se dokazuje u bioptičkom materijalu.
Endoskopski se razlikuju različite forme gastritisa koji je udružen sa HP infekcijom. One se karakterišu eritemom, fragilnošću sluzokože, subepitelijalnim hemoragijama ili erozijama.
Način na koji HP oštećuje gastroduodenalnu mukozu nije dovoljno jasan. Jedan od faktora oštećenja mukoze može biti produkcija amonijaka pod uticajem aktivnosti HP ureaze. Drugi način je takođe hipotetičan, a sastoji se u razlaganju mukusnih glikoproteina želudačne sluzokože, koje se odvija pod uticajem HP proteaze. Ovo povećava permeabilitet mukusa za vodonikove jone te na taj način dovodi do oštećenja epitela. Lipaza i fosfolipaza Akoje se takođe nalaze u HP teoretski mogu da dovedu do oštećenja odbrambenih mehanizama gastrične mukoze. Takođe smatra se daje moguće dapostoji još jedan način na koji HP oštećuje gastrointestinalnu mukozu, a to je povećano oslobađanje gastrina iz antralne mukoze inficirane sa HP.
Dijagnostičke procedure za dokazivanje HP se mogu podeliti u dve kategorije: invazivne i neinvazivne metode dijagnostike. Invazivne metode podrazumevaju histološko proučavanje bioptičkog uzorka dobijenog u toku endoskopije, a odnose se na bojenje po gramu, ureaza testu, histološkim pregledima, bojenju po Gimzi i drugim specifičnim bojenjima i pravljenjima bakterijske kulture.
U neinvazivne testove spadaju urea-izdisajni test (C14, C13, serološki testovi tipa ELIZAi drugi testovi kao što sukomplement fiksacija, pasivna hemaglutinacija itd.). Postoji veliki broj terapijskih postupaka, u načinu lečenja HP. Za histološke forme gastritisa često nije potreban nikakav tretman, ali svaka infekcija sa HP treba da se leči. Smatra se da HP ima ulogu u patogenezi peptičkog ulkusa pa je sprovođenje terapije u nj egovom zalečenju veoma korisno. Vehki broj antibiotika efikasno uništava HP: penicilin, ampicilin, amoxicilin, eritromycin, gentamycin, cefalosporini, tetraciklini, ciprofloxacin i imipenem. Najveći broj HP pozitivnih gastritisa je osetljiv i na metronidazol. Komponente bizmuta u vidu koloidalnog bizmut supcitrata i bizmut supsalicilata su takođe vrlo efikasne u eradikaciji HP.