ENDODEOKSIRIBONUKLEAZA (engl. endodeoxyribonuclease), opšti naziv za enzime iz roda hidrolaza (EC 3.1.21-25) koje katalizuju unutrašnje razgrađivanje polinukleotioda u lancu DNK. Ovi enzimi su značajni za metabolizam i popravku dezoksiribonukleinskih kiselina.