Potpuna atrezija vagine nije tako retka pojava kao što bi se na prvi pogled moglo pomisliti. U takvom slučaju, na mestu gde treba da bude vagina ostaju samo dve kompaktne, vrlo tanke vrpce, koje odgovaraju nespojenim i nekanalisanim ostacima Milerovih kanala.
Potpuna atrezija vagine nije tako retka pojava kao što bi se na prvi pogled moglo pomisliti. U takvom slučaju, na mestu gde treba da bude vagina ostaju samo dve kompaktne, vrlo tanke vrpce, koje odgovaraju nespojenim i nekanalisanim ostacima Milerovih kanala. Delovi genitalnog trakta iznad i ispod vagine, tj. uterus sa jajnicima i jajovodima, kao i stidnica, mogu biti (i najčešće jesu) nedovoljno razvijeni, sa znacima hipoplazije. Vrlo retko, aplaziju vagine može pratiti i aplazija uterusa. Kod potpune ili delimične atrezije vagine, kad su materica i jajovodi normalno razvijeni, menstrualna funkcija može biti očuvana, te dolazi do ranije opisanih stanja hematometre i hematosalpinksa. Pored potpune atrezije vagine u ovom organu mogu postojati šire ili uže pregrade koje zatvaraju lumen vagine i, zavisno od njihove visine, čine je plićom.
Između potpune atrezije vagine i postojanja samo tanke poprečne pregrade mogu postojati različiti prelazi. Vrlo često se tanka poprečna pregrada na donjem kraju vagine može pogrešno smatrati himenalnom atrezijom, iako to nije. U tom slučaju, radi postavljanja tačne dijagnoze treba da se izvrši histološki pregled operacijom odstranjene pregrade. No, bez obzira ria rezultat, klinički značaj i terapija u takvim slučajevima su jednaki za oba stanja, jer i ovde i kod himenalne atrezije dolazi do stvaranja hematokolposa, hematometre i hematosalpinksa.
Iako se poprečna pregrada ‘na vagini obično viđa u njenoj donjoj trećini, ona se ređe može otkriti i u sredini ili u gomjem kraju. U tom slučaju, pri pregledu se zapaža da je vagina plitka, slepo zatvorena i da se u njoj ne može napipati grlić materice. Ponekad su takve prividne kompletne vaginalne pregrade, smeštene u sredini ili u gomjoj trećini vagine, u stvari kanalisane neprimetnim uzanim kanalićem kroz koji se pri menstruaciji izliva menstrualna krv i kroz koji, pri koitusu, spermatozoidi mogu da prodru u cervikalni kanal, materičnu duplju i jajovode i da dovedu do oplođenja. Ako se ovakva pregrada ne otkloni na vreme operativnim putem, porođaj se ne može završiti per vias naturales, već carskim rezom. Inače, različiti stepeni atrezije obično se lako odstranjuju plastičnom vaginalnom operacijom.
Sem poprečne, pokatkad se u vagini nađu i uzdužne, tj. središne pregrade, koje dele vaginu na dve paralelne, više-manje jednake cevi. Ove pregrade mogu postojati od spoljnog ušća grlića, pa sve do introitusa vagine, kada se u stvari radi o postojanju duple vagine. Takva anomalija je retko usamljena. Najčešće je prate i druge malformacije genitalnog trakta, od kojih obično dupla ili jednoroga materica. Pored potpune, u vagini mogu postojati i delimične uzdužne pregrade, koje nepotpuno predvajaju jedan deo vagine . Mnogo puta one ostaju nezapažene, jer mogu postojali ne izazivajući nikakve teškoće. Neke od njih otkriju se tek u porođaju zbog smetnji koje u to doba pričinjavaju sprečavajući izlazak prednjačcćeg dela ploda.
Od ostalih retkih malformacija javljaju se i nepravilnosti u vezi sa čmarom i izlaznim otvorom mokraćne cevi. Dešava se, doduše veoma retko, da se čmar, umesto na međici, otvara u vestibulumu vagine (anus vestibularis). Ova anomalija može da se operativno koriguje. Isto tako, veoma retko može da se u gornjem delu vestibuluma nađe i spoljni otvor mokraćne cevi.