Razvojem sekvencioniranja nove generacije -NGS (engl. Next Generation Sequencing) sistemsko lečenje karcinoma pretrpelo je fundamentalne promene. Kraj 20. i početak 21. veka obeležila su velika otkrića u razumevanju dejstva molekularnih mehanizama u okviru gena odgovornih za nastanak tumora (karcinogeneze), i njihove uloge u transformisanju normalne ćelije u tumorsku (kancerogenu) ćeliju.
Razvojem sekvencioniranja nove generacije -NGS (engl. Next Generation Sequencing) sistemsko lečenje karcinoma pretrpelo je fundamentalne promene. Kraj 20. i početak 21. veka obeležila su velika otkrića u razumevanju dejstva molekularnih mehanizama u okviru gena odgovornih za nastanak tumora (karcinogeneze), i njihove uloge u transformisanju normalne ćelije u tumorsku (kancerogenu) ćeliju. Ova otkrića otvorila su nam put ka preciznoj medicini i specifičnom tumorskom profilisanju karcinoma, a sve u cilju što brzeg i adekvatnijeg lečenja obolelih pacijenata. Tako da zahvaljujući genskom profilisanju tumora i detekciji specifičnog biomarkera (biomarker- genska promena-GA (engl. Genomic alteration) na kojoj može da se primeni specifična ciljana/biološka terapija), pacijenti koji imaju detektovanu gensku promenu i koji su zatim kandidati za ciljano onkološko lečenje imaju značajno bolji ishod lečenja u poređenju sa pacijentima koji imaju isti tip tumora a kod kojih nije nađena genomska promena. Danas na početku treće dekade 21. veka svedoci smo benefita koje je poznavanje genskog profila tumora donelo pacijentima.
Zahvaljujući otkriću i brzom razvoju NGS-a danas postoji jako veliki broj testova kojima je moguće genomsko profilisanje tumora. Prvi testovi (još pre 40ak god.) na osnovu kojih je bilo moguće napraviti genski profil tumora bili su testovi „in situ“ hibridizacije (SISH*, FISH**) kao i qPCR (engl. Real time PCR). Nedostatak ovih testova leži u tome što se njima mogu detektovati samo pojedinačne klinični značajne genomske promene i to najčešće samo za 1 do 2 gena. Imajući u vidu da su tumori jako heterogena grupa ćelija, i da u toku svog razvića jako brzo menjaju svoj genomski profil nastala je potreba za metodologijom koja omogućava detekciju svih kliničli značajnih genomskih promena i to kod više gena istovremeno.
Otkriće NGS umnogome je odgovorilo potrebi za istovremenim testiranjem različitih genomskih promena na većem broju gena. Međutim sama metodologija NGS omogućava sekvencioniranje („čitanje“) celokupnog genoma, a ne samo gena uključenih u nastanak tumora, kako na nivou DNK, tako i na nivou RNK. Tako da u moru laboratorija koje nude određivanje genskog profila tumora upotrebom NGS-a, u ovom trenutku treba mudro izabrati pravi test.
Prvi komercijalni testovi na bazi NGS-a koji su omogućavali gensko profilisanje tumora bili su takozvani „hot spot“ NGS paneli. Ovi testovi su analitički validirani i dizajnirani da na nekolicini gena (najčešće od 4 do 40) detektuju genomske mutacije koje su tim testom predviđene. Najveći nedostatak ovih testova je upravo to što oni ne mogu istovremeno da detektuju sve 4 klase klinički značajnih genomskih promena.Takođe veliki nedostatak ovih panela je i to nisu klinički validirani. Klinička validacija zapravo omogućava kategorizaciju jedne grupe pacijenata u dve ili više grupa na osnovu ishoda njihovog lečenja, tj. daje informaciju o tome kako će pacijent odgovoriti na datu terapiju ukoliko ima određeni biomarker. Tako da po dobijanju rezultata ovog testa kliničar/onkolog mora dodatno da se konsultuje sa genetičarima ili da traži podatke iz studija i literature, kako bi pacijentu uključio pravi tretman.
S druge strane testovi NGS-a koji su razvijeni proteklih par godina a koji se baziraju na principu sveobuhvatnog genomskog profilisanja – CGP (engl. Comprahensive Genomic Profiling) umnogome predstavljaju bolji izbor od „hot spot“ panela. Naime ovi tesovi obuhvataju 300 i više gena ključnih za nastanak tumora, s tim što imaju mogućnost detekcije sve 4 vrste klinički značajnih genomskih promena. Takođe, CGP testovi pored analitičke imaju i kliničku validaciju. To zapravo znači da je CGP test klinički validiran da otkrije specifične genomske promene i odobrene terapijske opcije. Još jedna prednost genomskog profilisanja jeste određivanje mutacionog opterećenja tumora – TMB (engl. Tumor Mutational Burden) i detekcija mikrosatelitske nestabilnosti – MSI (engl. Microsatellite Instability), markera koji su neoprodni prilikom donošenja odluke o primeni imunoterapije kod onkoloških pacijenata. CGP testovi pružaju i kompletnu bioinformatičku podršku tj. prateću dijagnostiku (engl. Companion Diagnostic); odnosno medicinsku uslugu, koja pruža informacije neophodne za bezbednu i efikasnu primenu odgovarajućeg leka. Uzimajući u obzir sve navedeno CGP pomaže u donošenju efikasnih, personalizovanih terapijskih odluka za pacijente koji boluju od najrazličitijih vrsta tumora.
Autor teksta: Dr sci med Sanja Ćirović, molekularni biolog
Institut za patologiju Medicinskog fakulteta u Beogradu